利用全外显子组测序和重测序解析人黑色素肿瘤的进化突变特征
本研究通过13名患者不同部位和不同时间的黑色素瘤样本，利用全外显子组测序（WES）和全基因组测序（WGS）及数据分析，深入解析了人类黑色素瘤从早期发展到晚期的进化突变特征。测序策略与样本准备 样本准备：研究共采集了来源于13个患者的88例肿瘤样本，包括肿瘤组织和FFPE样本。
全外显子组测序与FLCN胚系突变的检测 为了明确诊断，对患者及其家族成员进行了全外显子组测序。全外显子组测序是一种高通量的基因测序技术，可以检测基因组的所有外显子区域，从而发现潜在的致病突变。在本例中，通过全外显子组测序，证实了患者和三名亲属携带FLCN胚系突变，从而确认了BHD的诊断。
肿瘤细胞突变导致新抗原生成（如NRPUBE2J1等突变）。新抗原与HLA分子结合形成复合物，呈递于肿瘤细胞表面。T细胞通过TCR识别复合物，激活抗肿瘤免疫反应。图1：研究通过基因编辑技术重建新抗原特异性T细胞受体（neoTCRs），实现个体化抗肿瘤作用。
高通量测序参数—测序深度
在高通量测序领域，测序深度是衡量测序质量的关键参数，它代表了目标区域被测序的次数。以10次测序为例，测序深度为10X。然而，选择合适的测序深度并非易事，它受到多种因素的影响。不同类型的样本和检测目标对测序深度的需求各不相同。
测序深度指的是对目标测序区域反复测序的次数。在高通量测序中，测序深度是一个关键参数，它直接反映了测序的覆盖度和准确性。具体来说，测序深度指的是对目标测序区域（如某个基因、外显子组或全基因组）进行反复测序的次数。例如，如果某个目标区域被反复测序了10次，那么该区域的测序深度就是10X。
测序深度是指测序得到的总碱基数与待测基因组大小的比值，覆盖度是指测序获得的序列占整个基因组的比例。测序深度：定义：测序深度直接反映了测序数据对基因组的覆盖程度，是评估测序数据量是否充足的重要指标。计算方法：测序深度等于测序得到的总碱基数除以待测基因组的大小。
高通量测序各参数计算方法的答案如下：测序深度的计算方法： 定义：测序深度是指测序数据与参考基因组比对后，目标区域每个碱基被测序的次数。 计算方法：测序深度 = 测得数据量/ 基因组大小× 基因组碱基数与字节数的转换系数。
测序深度，作为高通量测序技术中的关键参数，关乎基因组或基因区域的覆盖程度。它以每个碱基被测序的平均次数来衡量，意味着测序深度越高，每个碱基的测序次数增加，数据的准确性和可信度也随之提升。测序深度的表示方法包括Gb数、reads数和倍数（X）。
omicron变种病毒的检测
检测Omicron变种病毒可通过优化PCR策略实现高效筛选，结合S基因靶标失效现象与实时荧光定量PCR（RT-PCR）的循环阈值（Ct值）差异，可显著降低测序成本与人力消耗。传统检测方法的局限性普通PCR结合测序的流程繁琐 需设计多对引物进行PCR扩增，通过凝胶电泳初步判断结果。
美国为应对Omicron变种病毒，计划收紧入境政策，具体内容如下：加强入境前检测要求：所有入境旅客（包括美国公民）无论是否接种新冠疫苗，都必须在登机前一天接受病毒检测。此前政策为接种疫苗者需提供72小时内检测报告，未接种者需提供24小时内检测报告。新规统一缩短了检测时间窗口，且覆盖全体入境人员。
香港地区情况：11月13日，一位前往南非旅行的36岁男子返港时检测为阴性，后被认定感染的是Omicron毒株；随后，同一酒店隔离，对门房间的另一名62岁加拿大返港男子也被确诊为此毒株携带者，不过尚未造成大范围传播。
当一个地区同时传播多种毒株时，一个人可能同时感染不同毒株。这些毒株在入侵人体细胞复制过程中，可能发生基因组交换相同位置的情况，这就是病毒重组。目前英国卫生安全局正在检测3个跟Omicron相关的突变重组毒株，分别命名为XD、XF和XE。
搞明白全基因组重测序了!
〖壹〗、全基因组重测序在农业研究中的应用：一项研究对243株二倍体棉花种质材料进行了全基因组重测序分析，获得了A基因组遗传变异数据集合，并发现了与关键农艺性状相关的遗传变异。例如，一个非同义突变是导致亚洲棉种子棕榈酸和棕榈油酸含量差异的主要原因；另一个位于谷胱甘肽转移酶基因启动子的突变与棉花抗枯萎病性状显著关联。
〖贰〗、全基因组重测序：SNV和InDel可通过PCR扩增包含该位点的区段并进行一代测序（Sanger测序）或采用SNP分型检测的方法验证；CNVs可通过Real-time PCR对存在拷贝数变异的片段进行扩增，并根据CT值估算不同个体的拷贝数变化倍数；小的SVs可通过PCR扩增和测序辨别，大的SVs则需要通过亚显微方法发现，如FISH等。
〖叁〗、全基因组测序是对一种生物的基因组中的全部基因进行测序，测定其DNA的碱基序列的过程。具体来说：测序范围：全基因组测序涵盖了一个生物体内所有的DNA序列，包括编码蛋白质的基因和非编码区域。
